В 1989 году от головной отраслевой организации по очистке промышленных сточных вод Министерства электротехнической промышленности (ЦПКБ МЭТП) по приглашению СЭВовского объединения АКВАКООП отделился отраслевой отдел, включающий научно-исследовательскую лабораторию, конструкторский сектор нестандартизированного технологического оборудования, технологический и проектный сектора, который стал Ленинградским Инженерным центром «ЛенАКВАПРОМ» объединения АКВАКООП. В его структуру влились пуско-наладочное и монтажное подразделения из объединения «РАДАР» министерства средств связи. После распада СЭВ предприятие преобразовалось в АОЗТ «АКВА-СЕРВИС» и АОЗТ «АКВАПРОМ», а в 2005 году в ЗАО «НПФ АКВАПРОМ».

Недавние поправки в Гражданский кодекс, действующие с сентября 2014 г., упразднили такую форму организаций, как ЗАО, поэтому в феврале 2015 г. компания ЗАО «НПФ АКВАПРОМ» была реорганизована в форме преобразования в ООО «НПФ АКВАПРОМ».

В рамках Министерства отраслевой отдел занимался разработкой технологий и технологического оборудования для очистки промышленных сточных вод, характерных для различных профильных производств министерства (гальванических и травильных производств, производства печатных плат и микросхем, производства полупроводников, производств кислотных и щелочных аккумуляторов, электротехнического фарфора, электроизоляционных материалов, конденсаторов (в том числе высоковольтных), электроаппаратов, электроламп, электрокабелей, электровозов и др.; курировал двенадцать проектных организаций отрасли, обеспечивая их и около 350 заводов руководящими материалами и инструкциями по проектированию и эксплуатациии очистных сооружений, оказывал оперативную техническую помощь промпредприятиям на месте в чрезвычайных ситуациях (предъявление серьёзных санкций со стороны местных контролирующих органов, срывы в работе очистных сооружений).

После ликвидации министерств до вступления в АКВАКООП отдел оставался головным в ленинградском объединении «ЭНЕРГОМАШ».

Кроме электротехнических заводов ООО «НПФ АКВАПРОМ» работало и работает с рядом судостроительных заводов, авиационных, радиозаводов, приборостроительных, заводов сельскохозяйственных машин, заводов атомной энергетики и др.